1.原料因素：
氨基酸纯度：氨基酸是多肽合成的基本单元，其纯度不足会导致杂质混入，影响多肽的纯度和质量。例如，消旋化的氨基酸会使合成的多肽中存在错误的氨基酸构型。
溶剂质量问题：溶剂用于溶解反应物和清洗树脂等，如果溶剂中含有杂质或水分，可能会与反应物发生副反应，影响多肽合成的效率和质量。比如在贵尘辞肠固相合成中，常用的顿惭贵等溶剂若含有少量水，会水解活化的氨基酸。
2.设备因素：
电磁阀故障：电磁阀控制液路的串联与闭路，在氨基酸转移与量取、溶剂转移与量取过程中起着关键作用。电磁阀出现故障可能导致液体流动不畅、量取不准确等问题，影响合成的准确性。
感应器精度问题：感应器用于监测反应过程和液体量取等，如果感应器精度不够或出现偏差，会导致对反应条件的监测不准确，进而影响多肽合成的效果。
机械部件磨损：如搅拌装置、传动装置等机械部件的磨损会影响反应的均匀性和稳定性，导致多肽合成效率降低或产物质量不一致。
3.环境因素：
温度变化：多肽合成反应通常在一定的温度范围内进行，温度过高或过低都会影响反应速率和平衡，导致副反应增加或反应不全。例如，高温可能加速氨基酸的消旋化，低温则可能使反应速度变慢。
湿度影响：湿度过高可能导致溶剂吸湿，影响反应体系的浓度和反应活性，同时也可能引起一些对水敏感的反应物或产物的降解。
4.人为因素：
操作失误：操作人员在使用多肽合成仪时，如果操作不当，如加料顺序错误、量取不准确、反应时间控制不当等，都会导致合成结果出现偏差。
参数设置错误：不同的多肽合成需要根据具体的实验要求设置合适的参数，如氨基酸的用量、反应时间、温度等。如果参数设置不合理，会影响多肽的合成效果。
